Biopsii biologice pentru a diagnostica cancerul
Înscriere în Discovery Medicine în 2015, Labgaa și co-autori afirmă următoarele despre biopsia tumorală convențională:
Din motive evidente, este dificil sa se monitorizeze evolutia tumorii prin biopsii secventiale.De asemenea, biopsia doar oglindeste un singur spot al tumorii si, prin urmare, este putin probabil sa reprezinte intregul spectru de mutatii somatice in tumorile mari.O alternativa ar fi de a obtine multiple biopsii pentru aceeași tumoare, dar această opțiune nu pare realistă și nici exactă. "
Biopsia lichidă implică măsurarea ADN-ului circulant (ctDNA) și a altor subproduse tumorale în probele de sânge obținute de la pacienți cu cancer. Această abordare emergentă de diagnostic promite să fie rapidă, neinvazivă și rentabilă.
Istoria biopsiei lichide
În 1948, Mandel și Metais, o pereche de cercetători francezi au identificat pentru prima dată ctADN în sângele oamenilor sănătoși. Această descoperire a fost înaintea timpului său, iar până în decenii mai târziu, ctDNA a fost explorată în continuare.În 1977, Leon și colegii au identificat mai întâi cantități crescute de ctADN în sângele pacienților cu cancer. Până în 1989, Stroun și colegii au identificat caracteristicile neoplazice (adică cancer) în sânge. După aceste descoperiri, alte câteva grupuri au identificat mutații specifice în supresoare tumorale și oncogene, instabilitate microsatelită și metilare ADN, care au demonstrat că ctADN este eliberat în circulație de către tumori.
Deși știm că ctDNA derivată din celulele tumorale circulă în sânge, originea, rata de eliberare și mecanismul de eliberare a acestui ADN sunt neclare, rezultatele obținând rezultate conflictuale. Unele studii sugerează că mai multe tumori maligne conțin mai multe celule canceroase moarte și eliberează mai mult ctADN. Cu toate acestea, unele cercetări sugerează că toate celulele eliberează ctADN. Cu toate acestea, se pare că tumorile canceroase eliberează niveluri crescute de ctADN în sânge, făcând ctDNA un bun biomarker al cancerului.
Din cauza fragmentării grele și a concentrațiilor scăzute în sânge, ctADN este dificil de izolat și analizat. Există o discrepanță între concentrațiile de ctADN dintre probele serice și plasmatice. Se pare că serul de sânge, mai degrabă decât plasma sanguină, este o sursă mai bună de ctADN. Într-un studiu efectuat de Umetani și colegi, s-a constatat că concentrațiile de ctADN sunt în mod constant scăzute în plasmă comparativ cu serul din cauza pierderii posibile a ADN-ului circulant în timpul purificării, deoarece coagularea și alte proteine sunt eliminate în timpul preparării specimenelor.
Potrivit Heitzer și colegilor, aici sunt câteva aspecte specifice care trebuie rezolvate pentru a valorifica potențialul de diagnostic al ctNAn:
"În primul rând, procedurile preanalitice trebuie standardizate ... Selectarea unei metode de izolare care să asigure extragerea unei cantități suficiente de ADN de înaltă calitate este critică și sa demonstrat că factorii preanalitici ai prelevării și prelucrării sângelui pot afecta puternic randamentul ADN .... În al doilea rând, una dintre cele mai importante probleme este lipsa de armonizare a metodelor de cuantificare. Diferitele metode de cuantificare, ... produc rezultate diferite deoarece aceste măsurători vizează fie ADN complet sau numai amplificabil ... În al treilea rând, mai puțin se cunoaște originea și mecanismul detaliat al ctDNA, iar în majoritatea studiilor se confundă evenimente care ar putea contribui, de asemenea, la eliberarea ctADN ".
Abordări vizate vs. necorespunzătoare
În prezent, există două abordări principale în analizarea plasmei sanguine (sau a serului) pentru ctADN. Prima abordare este vizată și caută schimbări genetice specifice care indică tumori. A doua abordare este nedirecționată și implică o analiză la nivelul genomului care caută ctDNA care reflectă cancerul. În mod alternativ, secvențarea exome a fost utilizată ca o abordare mai puțin eficientă din punct de vedere al costurilor, nedirijată. Exomii sunt porțiunile ADN care sunt transcrise pentru a face proteine.Prin abordări vizate, serul este analizat pentru mutații genetice cunoscute într-un mic set de mutații ale șoferului. Mutațiile conducătorilor auto se referă la mutații ale genomului care promovează sau "conduc" creșterea celulelor canceroase. Aceste mutații includ KRAS sau EGFR.
Datorită progreselor tehnologice din ultimii ani, abordările orientate spre analiza genomului pentru cantități mici de ctADN au devenit fezabile. Aceste tehnologii includ ARMS (sistem de mutație refractară de amplificare); PCR digital (dPCR); granule, emulsii, amplificare și magneți (BEAMing); și secvențierea profundă (CAPP-Seq).
Chiar dacă s-au înregistrat progrese în tehnologie care fac posibilă abordarea vizată, abordarea vizată vizează doar câteva poziții de mutații (puncte hotspot) și ratează o mulțime de mutații ale conducătorilor auto, cum ar fi gene supresoare tumorale.
Principalul beneficiu al abordărilor necorespunzătoare a biopsiei lichide este că acestea pot fi utilizate la toți pacienții datorită faptului că testul nu se bazează pe modificări genetice recurente. Modificările genetice recurente nu acoperă toate cancerele și nu sunt semne de cancer specifice. Cu toate acestea, această abordare nu are sensibilitate analitică și nu este încă posibilă o analiză cuprinzătoare a genomului tumoral.
De notat, prețul de secvențiere a unui genom întreg a scăzut substanțial. În 2006, prețul de secvențiere a întregului genom a fost de aproximativ 300.000 USD (USD). Până în 2017, costul a scăzut la aproximativ 1.000 USD (USD) per genom, incluzând reactivii și amortizarea mașinilor de secvențiere.
Utilitatea clinică a biopsiei lichide
Eforturile inițiale de a utiliza ctADN au fost nivelurile de diagnostic și comparate la pacienții sănătoși cu cei ai pacienților cu cancer sau cei cu boală benignă. Rezultatele acestor eforturi au fost amestecate, doar câteva studii arătând diferențe semnificative care indică cancer, statut fără boală sau recadere.Motivul pentru care ctADN poate fi utilizat doar o parte din timp pentru a diagnostica cancerul se datorează faptului că cantități variabile de ctADN sunt derivate din tumori. Nu toate tumorile "aruncă" ADN-ul în aceeași cantitate. În general, tumorile mai avansate, mai răspândite, au aruncat mai mult ADN în circulație decât tumorile timpurii, localizate. În plus, diferite tipuri de tumori scot diferite cantități de ADN în circulație. Fracția de ADN circulant derivată dintr-o tumoare este foarte variabilă în cadrul studiilor și tipurilor de cancer, variind între 0,01% și 93%. Este important de observat că, în general, doar o minoritate de ctADN derivă din tumoare, restul provenind din țesuturile normale.
ADN-ul circulant ar putea fi folosit ca marker prognostic al bolii. ADN-ul circulant ar putea fi folosit pentru a monitoriza schimbările de cancer în timp. De exemplu, un studiu a arătat că rata de supraviețuire de doi ani la pacienții cu cancer colorectal (adică numărul de pacienți care trăiesc încă cel puțin doi ani după diagnosticarea cu cancer colorectal) și KRAS hotspot mutații a fost de 100 la suta la cei fara dovezi de ADN-ul circulant corespunzatoare. Mai mult, este posibil ca, în viitorul apropiat, ADN-ul circulant să poată fi utilizat pentru a monitoriza leziunile precanceroase.
ADN-ul circulant ar putea fi, de asemenea, utilizat pentru monitorizarea răspunsului la terapie. Deoarece ADN-ul circulant oferă o imagine globală mai bună a formulei genetice a tumorilor, acest ADN conține probabil ADN-ul diagnostic, care poate fi folosit în loc de ADN-ul diagnosticat obținut din tumori.
Acum, să aruncăm o privire la câteva exemple specifice de biopsie lichidă.
Guardant360
Guardant Health a dezvoltat un test care utilizeaza secventierea de generatie urmatoare pentru ADN-ul circulant al profilului pentru mutatii si rearanjamente cromozomiale pentru 73 de gene legate de cancer. Guardant Health a publicat un studiu care a raportat utilitatea biopsiei lichide în oncologie. Studiul a utilizat probe de sânge de la 15 000 de pacienți cu 50 tipuri de tumori combinate.În cea mai mare parte, rezultatele testului de biopsie lichidă au fost aliniate cu modificările genetice observate în biopsiile tumorale.
Potrivit NIH:
Gardian360 a identificat aceleași mutații critice în gene importante legate de cancer, cum ar fi RFCE, BRAF, KRAS, și PIK3CA la frecvențe foarte asemănătoare cu cele identificate anterior în probele de biopsie tumorală, corelând statistic cu 94% până la 99%. "
Mai mult, conform NIH cercetatorii au raportat urmatoarele:
"Într-o a doua componentă a studiului, cercetătorii au evaluat aproape 400 de pacienți - dintre care majoritatea au avut cancer pulmonar sau colorectal - care au avut atât ctADN de sânge, cât și rezultate ale ADN-ului țesutului tumoral și au comparat modelele modificărilor genomice. biopsia comparativ cu rezultatele analizelor de biopsie tumorală a fost de 87%. Precizia a crescut la 98% atunci când sângele și probele tumorale au fost colectate în interval de 6 luni una de cealaltă ".
Guardant360 a fost precis chiar dacă nivelurile de ADN circulant din sânge au fost scăzute. Adesea, ADN-ul tumoral circulant a constituit doar 0,4% din ADN-ul din sânge.
In general, folosind biopsie lichid, cercetatorii Guardant au fost in masura sa identifice markeri tumorale care ar putea directiona tratamentul de catre medici la 67 la suta dintre pacienti. Acești pacienți au fost eligibili pentru tratamente aprobate de FDA, precum și pentru terapii experimentale.
ctADN și cancerul pulmonar
În 2016, FDA a aprobat testul de mutație EGFR cobas pentru a fi utilizat pentru detectarea EGFR mutații în ADN-ul circulant al pacienților cu cancer pulmonar. Acest test a fost prima biopsie lichidă aprobată de FDA și a identificat pacienții care pot fi candidați pentru tratament cu terapii vizate care utilizează erlotinib (Tarceva), afatinib (Gilotrif) și gefitinib (Iressa) ca tratament de primă linie și osimeritinib (Tagrisso) tratament de linia a doua. Aceste terapii vizate atacă celulele canceroase cu specific EGFR mutații.Foarte important, din cauza numarului mare de rezultate false-negative, FDA recomanda ca o mostra de biopsie de tesut, de asemenea, sa fie luate de la un pacient care are o biopsie lichid negativ.
ctDNA și cancerul de ficat
Numărul de persoane care au murit de cancer la ficat a crescut în ultimii 20 de ani. În prezent, cancerul la ficat este a doua cauză principală de deces prin cancer în lume. Nu există biomarkeri buni disponibili pentru detectarea și analizarea cancerului hepatic sau hepatocelular (HCC). ADN-ul circulant ar putea fi un biomarker bun pentru cancerul hepatic.Luați în considerare următorul citat de la Lagbaa și co-autori despre potențialul utilizării ADN-ului circulant pentru a diagnostica cancerul hepatic:
Hipermetilarea RASSF1A, p15 si p16 a fost sugerata ca instrumente de diagnosticare timpurie intr-un studiu retrospectiv incluzand 50 de pacienti cu HCC. O semnatura a patru gene aberante metilate (APC, GSTP1, RASSF1A si SFRP1) metilarea RASSF1A a fost raportată ca un biomarker prognostic Studii ulterioare au analizat ctADN la pacienții HCC folosind tehnologii de secvențiere profundă ... În mod amplu, numerele de copii ADN aberante au fost detectate la doi purtători HBV fără istoric de HCC la momentul colectării sângelui, dar care au dezvoltat HCC în timpul monitorizării. Această descoperire a deschis ușa pentru a evalua variația numărului de copii în ctADN ca instrument de screening pentru detectarea precoce a HCC. "
Un cuvânt de la Verywell
Biopsiile biologice reprezintă o nouă abordare captivantă a diagnosticului genomic. În prezent, anumite biopsii lichide, care oferă un profil molecular complex, sunt disponibile medicilor pentru a completa informațiile genetice obținute din biopsia tisulară. Există, de asemenea, anumite biopsii lichide care pot fi folosite în locul biopsiei tisulare - când biopsiile tisulare nu sunt disponibile.Este important să rețineți că în prezent sunt în desfășurare multe studii privind biopsia lichidă și că trebuie realizate mai multe cercetări pentru a determina utilitatea terapeutică a acestei intervenții.
